Sở dĩ có tên gọi là Gò Chùa Nổi vì đây là một gò đất nổi cao, trên gò có chùa và gò này chưa bao giờ bị ngập lụt vào mùa lũ nên nhân dân trong vùng quân gọi là Gò Chùa Nổi. Ngoài ra, theo dân gian thì tên “Chùa Nổi” còn xuất phát từ truyền thuyết nước nổi lên đến đâu thì chùa và gò nổi lên đến đó.

Gò Chùa Nổi tọa lạc trên đỉnh một gò cao 3,5m có dạng gần tròn với đường kính khoảng 100m. Ngôi chùa ở đây vào thuở ban đầu chỉ là một túp thảo lư (1823), đến năm 1875 được xây dựng thành ngôi tam bảo mái ngói, ba gian, cột gỗ bị chiến tranh tàn phá, rồi được tu sửa nhiều lần. Trong chùa có thờ một pho tượng Phật cổ bằng đá cao khoảng 35cm được tạc theo tư thế tọa thiền, pho tượng này đã được tìm thấy ngay trong khu vực gò. Trên gò còn có nhiều cây cổ thụ như cây Sao và Trôm thể hiện dấu tích của một khu rừng nguyên sinh thuở trước.

Cũng như các ngôi chùa khác ở Nam bộ, cấu trúc của chùa gồm có ba phần: chánh điện, hậu tổ, hậu đường. Toàn bộ cấu kiện chùa bằng bê tông, sắt ở rường mái và cột, mái ngói Tây, riêng hậu đường là mái tôn, nền lát gạch men hoặc đúc bê tông.

Gò Chùa Nổi còn là di chỉ khảo cổ học tiền sử, một di chỉ cư trú lớn của người tiền sử, chứa đựng nhiều hiện vật có giá trị khảo cổ có niên đại từ 2.500 đến 2.800 năm cách ngày nay, là một trong những di tích có giá trị lớn về khảo cổ học của tỉnh Long An.

Ngoài ra, Gò Chùa Nổi còn là cơ sở cách mạng của nhân dân ta trong những năm kháng chiến chống Mỹ cứu nước, là điểm sinh hoạt văn hóa được đông đảo nhân dân trong và ngoài tỉnh thăm viếng trong các ngày lễ lớn của Phật giáo, là một thắng cảnh của vùng Đồng Tháp Mười với cảnh quan thiên nhiên xinh đẹp còn được lưu giữ qua bao thăng trầm của lịch sử.

Gò Chùa Nổi đã được Ủy ban nhân dân tỉnh Long An xếp hạng là di tích cấp tỉnh tại Quyết định số 5164/QĐ-UBND, ngày 28/12/2004.